Es diu incompatibilitat a la incapacitat que observa algú, ja sigui per unir-se o per existir conjuntament amb un altre.
Aquest sentit del terme comprèn el que es coneix com incompatibilitat de caràcters. Cal destacar que l'esmentada incompatibilitat de caràcters resulta ser una de les causes més freqüents que s'addueixen o argumenten a l'hora de la presentació de la demanda d'un divorci, és a dir, els cònjuges que sol·liciten el divorci emparats en aquesta causa, normalment, justifiquen la seva decisió a partir de la presentació de fets concrets, proves, que evidencien la infelicitat i la pertorbació social que la seva unió els reporta a cadascun. Entre les estrelles de l'star system hollywoodenc la incompatibilitat de caràcters s'ha convertit en els darrers anys en la causa més difosa de divorcis ressonats.
D'altra banda, la paraula incompatibilitat s'empra per donar compte de la dificultat legal que existeix perquè una persona exerceixi dos càrrecs alhora. Per exemple, el fet d'exercir-se com a funcionari públic implicarà una incompatibilitat per desplegar alguna altra activitat a l'àmbit privat. En cas de desconèixer aquesta situació, el funcionari en qüestió estaria incorrent en una falta gravíssima que ha de ser sancionada.
Per la seva banda, a medicina, la incompatibilitat Rh és un tipus de malaltia hemolítica que pateix el nounat i que es desencadena quan la mare té sang Rh negativa i el nadó en gestació presenta, per contra, sang Rh positiva. Quan els glòbuls vermells del nadó es troben amb el torrent sanguini de la mare a la placenta, el sistema immunològic d'aquesta reconeix les cèl·lules fetals com una substància estranya i llavors, generarà anticossos contra les mateixes, destruint al seu pas els glòbuls vermells del nadó al voltant.
El concepte d'incompatibilitat s'oposa directament al de compatibilitat, el qual refereix la qualitat de compatible que és el mateix a dir que tal o qual posseeixen la aptitud o capacitat per estar, desenvolupar-se i succeir juntament amb un altre o altres individus.
